A ideia da criação do MUSEU DE HISTÓRIA NATURAL DE TAUBATÉ DOUTOR HERCULANO ALVARENGA (MHNT) surgiu algumas décadas antes da sua inauguração. Nos anos de 1976 a 1978, o pesquisador taubateano Herculano Alvarenga descobriu, restaurou e estudou o esqueleto quase completo de uma gigantesca ave fóssil, que após estudá-la, batizou com o nome de Paraphysornis brasiliensis.

​Era uma ave carnívora com mais de 2 metros de altura, que vivia na região do Vale do Paraíba, no sudeste brasileiro. Após a descrição original (Anais da Academia Brasileira de Ciências, vol. 54: 697-712/1982 e vol. 65: 403-406/1993), o Paraphysornis ganhou grande notoriedade na comunidade científica.

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Várias réplicas da ave gigante foram feitas e permutadas com diversos museus do mundo, gerando como resultado à aquisição de um rico acervo, que foi sendo acumulado na casa do pesquisador. Com o passar do tempo, o acervo inicial foi enriquecido com outros fósseis obtidos em expedições não só na Bacia de Taubaté, mas também em regiões diversas do Brasil e do exterior. Além de uma rica coleção de esqueletos que foi organizada para pesquisa comparada do material paleontológico, e alguns milhares de animais também foram taxidermizados (“empalhados”) e acrescidos à coleção.

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​Em 27 de novembro de 2000, com a ajuda de diversos amigos, pesquisadores e colaboradores, Alvarenga instituiu a FUNDAÇÃO DE APOIO À CIÊNCIA E NATUREZA (FUNAT), para a qual passou todo o seu acervo, acompanhado de um estatuto cuidadosamente elaborado, com a finalidade única da criação do MUSEU DE HISTÓRIA NATURAL DE TAUBATÉ DOUTOR HERCULANO ALVARENGA. A Prefeitura Municipal de Taubaté ofereceu sólido apoio e um prédio foi empreendido para dar início ao museu.

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​Desta forma, em 02 de julho de 2004 foi inaugurado o MUSEU DE HISTÓRIA NATURAL DE TAUBATÉ DOUTOR HERCULANO ALVARENGA em sede adequada, cercado de espaço para crescimento futuro. ​O Paraphysornis, que viveu nesta região há cerca de 23 milhões de anos, foi o grande motivador dessa epopeia e por isso ganhou o título de símbolo do MHNT.